Học viện Quản lý giáo dục tiền thân là Trường Cán bộ quản lý giáo dục và đào tạo được thành lập năm 1990, trên cơ sở hợp nhất 3 Trường:Trường Cán bộ quản lý giáo dục (thành lập năm 1976). Trường Cán bộ quản lý đại học, trung học chuyên nghiệp và dạy nghề và Trung tâm nghiên cứu tổ chức quản lý và kinh tế học giáo dục[3].

Ngày 3/4/2006, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ra Quyết định số 501/QĐ-TTg thành lập Học viện Quản lý giáo dục trên cơ sở nâng cấp Trường Cán bộ quản lý giáo dục và đào tạo.